1. Перейдите в директорию /usr/local/directadmin/custombuild

2. Откройте файл options.conf

3. Отредактируйте строку с ioncube=no на ioncube=yes

4. Установите ioncube командой ./build ioncube

Проверить установился ли ioncube можно командой php -v

Перезапустить Apache:
/etc/init.d/httpd restart