Cpanel имеет дополнительные модули для быстрой установки готовых cms систем в один клик, отличительная возможность припарковать домены с возможностью редиректа, и прекрасный раздел для мониторинга веб-статистики.

ISPmanager - собраны все необходимые функции для работы с хостингом, простая в понимании панель.

Лучший выбор - это выбор того продукта с которым уже приходилось работать.