Все панели хостинга выполняют свой функционал, отличие в большей мере только визуальное.Cpanel имеет дополнительные модули для быстрой установки готовых cms систем в один клик, отличительная возможность припарковать домены с возможностью редиректа, и прекрасный раздел для мониторинга веб-статистики.
ISPmanager - собраны все необходимые функции для работы с хостингом, простая в понимании панель.
Лучший выбор - это выбор того продукта с которым уже приходилось работать.